AkaiKKRとgfortranの出力バッファリング

gfortran の出力バッファリングによるとgfortranは、デフォルトで出力をバッファリングするようになっているとのことです。AkaiKKRの実行コマンドで書いたように出力ファイルを tail -f で監視する際に邪魔になるので、環境変数を利用してバッファリングしないようにしてみました。

ちなみに私の環境では ifort でコンパイルした specx では、このようなバッファリングの問題は起こっていません。


gfortranの出力バッファリングの無効化


AkaiKKRの実行コマンドではAkaiKKR(machikaneyama)の実行ファイルである specx を使うときに必要となるコマンドやリダイレクトを紹介しました。このエントリの中で tail -f で出力ファイルをリアルタイムに監視する方法を書いたところで環境によっては出力ファイルへの書き込みがリアルタイムに行われず、ある程度バッファしてから行われることがあるようです。と書きました。

gfortran の出力バッファリングによると、この挙動はgfortranの仕様であるとのことです。更にgfortran の出力バッファリングのエントリでは、fortranのソースコードを編集する方法と環境変数を利用する方法の2種類の解決方法が紹介されています。

AkaiKKRのソースコードを変更するのは大変そうなので、環境変数を使う方法を試してみます。
具体的には specx の前に GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y をつけて実行するだけです。

GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y specx out/outfile &


このようにすることで、出力ファイルが逐次書き込まれ tail -f で中身をリアルタイムに確認することができるようになります。

.bashrc等への記述


しかしながら GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y を毎回すべて打つのは大変なので .bashrc などに記述しておくことを考えます。
一番シンプルなのは、そのまま .bashrc などに記述してしまうことです。

export GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y


csh系なら、下記のようになるでしょうか。

setenv GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y


これらの方法は簡単でよいのですが、AkaiKKR以外のプログラムにgfortranを使っている場合、そのプログラムの挙動にも影響を与えてしまう副作用があります。
したがって .bashrc などに記述してしまうよりは specx を呼び出すシェルスクリプトなどに記述しておくほうが良いかもしれません。
あるいは、エイリアスを使う方法も考えられます。たとえば、以下のような記述を .bashrc に書いておきます。

alias specx='GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y specx'


こうすることによって単純に specx とタイプすることによって、環境変数付きで specx を実行することができるようになります。

関連エントリ




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