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AkaiKKRの.infoファイルから情報を取り出す

AkaiKKR(machikaneyama)は、その計算結果のうち「全エネルギー」と「磁気モーメント」の二つを格子定数aとともに.infoファイルに出力します。これらの二つの値をtail, sed, awkの3つの命令を利用して、上手に取り出す方法を知っていれば、結果の解析を行うためのシェルスクリプトが作れます。

例えばcshスクリプトでdata/fe.infoの最後から2行目の全エネルギーをENEという変数に代入するには以下のようにします。

set ENE=`tail -n 2 data/fe.info | sed '$d' | awk '{print $2}'`



AkaiKKRの.infoファイル


AkaiKKR(machikaneyama)は、その実行ファイルであるspecxの実行が終了する度にデータディレクトリの.infoファイルの末尾に「格子定数a」「全エネルギー」「磁気モーメント」の3つの値が出力されます。標準出力に出力される(悪く言えば雑多な)情報に比べて、最低限の重要な値だけが出力されるので便利ではあります。

以下に示すのは、AkaiKKRでテスト計算で行った鉄の計算の後のdata/fe.infoの内容です。

       5.2700       -2522.8222938   2.17548
5.2700 -2522.8222950 2.17547
5.2700 -2517.8475965 0.30790

ここで.infoへの出力はspecxの実行終了ごとに毎回行われることに注意が必要です。例えばAkaiKKRでテスト計算の場合ではdata/fe.infoに保存された3行3列の数字のうちで真ん中の2列目だけが意味を持つ値でした。
今回は、このような.infoファイルの中から、指定した行だけを出力するのに便利なコマンドについてまとめます。実行にはsedawkを利用するので、これらをインストールしておく必要があります。

最後の行だけを取り出す


tail -n 1 data/fe.info

tailコマンドは、ファイルの後ろの方のデータを読みだすことができます。tail -n 1とすれば、指定されたファイルの最後の1行だけを取り出すことができます。収束させるため複数回go計算を行うと、一番最後の行が最新の(つまり収束した)値となっているはずです。

最後から2行目だけを取り出す


tail -n 2 data/fe.info | sed '$d'

tailコマンドはtail -n 2 data/fe.infoとすれば後ろから2行分、tail -n 3 data/fe.infoとすれば後ろから3行分読み出します。後ろから2行分を取り出した後、sedを利用して最後の行を削除すれば最後から2行目だけが残ります。
AkaiKKRでテスト計算の様に、go計算を行った後でdos計算を行うなど、最後の行が不要なデータのときには、このようにして最後から2行目だけを取り出します。

最後から3行目だけを取り出す


tail -n 3 data/fe.info | sed '$d' | sed '$d'

後ろから3行分を取り出した後、最後の行を削除する工程を2回行えば、最後から3行目だけが残ります。
go計算を収束させた後、dos計算とspc計算の両方を行った場合などは、後ろの2行が不要データで後ろから3行目が必要なデータという事になります。同様な方法で後ろから4行目、5行目を取り出すこともできるでしょう。はっきり言って力技です。おそらくもっとスマートな方法があると思います、誰か教えてください。

最後の行の全エネルギーを取り出す


tail -n 1 data/fe.info | awk '{print $2}'

ここからは、列を取り出す方法です。.infoファイルの中で全エネルギーは2列目です。tailコマンドで最後の行を取り出した後、awkをつかって2列目を取り出します。

最後の行の磁気モーメントを取り出す


tail -n 1 data/fe.info | awk '{print $3}'

同様に3列目を取り出せば、磁気モーメントです。また1列目を取り出せば、格子定数aを読みだすことができます(格子定数を読みだすケースはまれと思いますが)。

最後から2行目の全エネルギーを取り出す


tail -n 2 data/fe.info | sed '$d' | awk '{print $2}'

ここからは単なる組み合わせです。
tailで最後から2行分を取り出した後、sedで最後の行を削除することによって、最後から2行目だけを取り出し、awkをつかって2列目だけを取り出します。

関連エントリ




参考URL




参考文献/使用機器




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tag: AkaiKKR machikaneyama シェルスクリプト 

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