VESTAでAkaiKKRのための基本並進ベクトル

個人的にはAkaiKKRで複雑な結晶構造を持った結晶の第一原理計算を行う事はあまりないのですが、複雑な結晶構造の入力ファイルを簡単に作成できれば便利だとは思います。
今回は、結晶構造を指定するのに非常に良く使われるcifファイルからVESTAを利用して出力することの出来るVASP用の入力ファイルを流用することを考えます。


AkaiKKRのための基本並進ベクトル


結晶構造は、格子(lattice)と基本構造(basis)の組み合わせによって表現されます(参考:結晶学 Crystruct.info)。
AkaiKKR(machikaneyama)でも格子と基本構造の組み合わせによって結晶構造を指定します。格子を指定する方法は、ブラべ格子の種類をキーワードで指定する方法(AkaiKKRのブラベ格子)と基本並進ベクトルで指定する方法(AkaiKKRの基本並進ベクトル その1その2)があります。

いずれにせよ、結晶構造を指定するのために必要十分な情報があれば、それを格子と基本構造へと変換するのは簡単なはずです。
今回は、結晶構造を指定するのに非常に良く使われるcifファイルからVESTAを利用して出力することの出来るVASP用の入力ファイルを流用することを考えます。

六方最密充填構造コバルト(hcp-Co)の基本並進ベクトルと基本構造


まず目標の結晶のcifファイルを入手します。
入手先の候補はいろいろ考えられますが、今回は六方最密充填構造のコバルトのcifファイルGitHubの該当ページからダウンロードします。

次に、結晶構造描画ソフトであるVESTAでcifファイルを開きます。
VESTAでLaMnO3ペロフスカイトなどで結晶構造の描画の方法について説明していますが、今回は結晶構造を眺めるのが目的ではないので、次に進みます。

cifファイルを開いた状態で[File]→[Export Data...]と選択するとファイル保存のダイアログが立ち上がります。
ここでファイルの種類としてVASP (POSCAR;*.vasp)を選択し、保存をクリックします。
するとOptionウインドウが立ち上がり、座標系の選び方を聞いてくるので、今回はFractional coordinatesを選択します。(もちろんCartesian coordinatesを選べば直交座標系になります。なおNiggli reduced cellはよくわからないので今回はパスします。)

保存されたファイルをテキストエディタで開くと、以下のようになっているはずです。
見ての通り、前半が基本並進ベクトルで、後半が基本構造です。

Co
1.0
2.5071001053 0.0000000000 0.0000000000
-1.2535500526 2.1712123810 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 4.0686001778
Co
2
Direct
0.333333343 0.666666687 0.250000000
0.666666627 0.333333313 0.750000000


ただし、基本並進ベクトルの単位はオングストロームとなっているので、基本並進ベクトルaの大きさで規格化したのち、基本並進ベクトルaの大きさ自体も原子単位系のBohrへと換算します。(c.f. 1 Bohr = 0.52917721092 Å)

c----------------------Co------------------------------------
go data/coAUX
c------------------------------------------------------------
c brvtyp a c/a b/a alpha beta gamma
aux
1.00000 0.00000 0.00000
-0.50000 0.86603 0.00000
0.00000 0.00000 1.62283
4.738
c------------------------------------------------------------
c edelt ewidth reltyp sdftyp magtyp record
0.001 1.0 nrl mjw mag 2nd
c------------------------------------------------------------
c outtyp bzqlty maxitr pmix
update 4 50 0.023
c------------------------------------------------------------
c ntyp
1
c------------------------------------------------------------
c type ncmp rmt field mxl anclr conc
Co 1 1 0.0 2
27 100
c------------------------------------------------------------
c natm
2
c------------------------------------------------------------
c atmicx atmtyp
0.333333343a 0.666666687b 0.250000000c Co
0.666666627a 0.333333313b 0.750000000c Co
c------------------------------------------------------------


その結果得られた入力ファイルが上記になります。
基本構造の下位の桁が少し怪しいことになっていますが、その点に目をつぶれば、正しく結晶構造を指定できています。

関連エントリ




参考URL




参考文献/使用機器




フィードバック



にほんブログ村 その他趣味ブログ 電子工作へ

 ↑ 電子工作ブログランキング参加中です。1クリックお願いします。


コメント・トラックバックも歓迎です。 ↓      


 ↓ この記事が面白かった方は「拍手」をお願いします。


tag: AkaiKKR machikaneyama VESTA ブラべ格子 基本並進ベクトル 六方最密充填構造 コバルト 

comment

Secret

FC2カウンター
カテゴリ
ユーザータグ

LTspiceAkaiKKRmachikaneyamaScilabKKRPSoC強磁性CPAOPアンプPICecalj状態密度常微分方程式モンテカルロ解析トランジスタodeDOSインターフェースPDS5022定電流スイッチング回路分散関係確率論半導体シェルスクリプト乱数レベルシフトHP6632A温度解析可変抵抗R6452AブレッドボードI2Cトランジスタ技術バンドギャップバンド構造セミナー反強磁性数値積分絶縁非線形方程式ソルバ偏微分方程式熱設計フォトカプラA/DコンバータLEDカオス順列・組み合わせPWscfGW近似シュミットトリガLM358ISO-I2Cマフィンティン半径三端子レギュレータ発振回路サーボTL431カレントミラーUSB直流動作点解析数値微分74HC4053補間PC817Cアナログスイッチイジング模型QuantumESPRESSObzqlty開発環境単振り子VESTA量子力学パラメトリック解析BSchスーパーリーグ電子負荷ポケモンGOFFT2ちゃんねるチョッパアンプアセンブラLDA基本並進ベクトルブラべ格子トレーナーバトル標準ロジックスレーターポーリング曲線熱伝導キュリー温度スイッチト・キャパシタSMPラプラス方程式状態方程式失敗談抵抗六方最密充填構造仮想結晶近似VCAQSGWcygwin繰り返しGGAewidthQuantum_ESPRESSOTLP621Maxima最適化コバルト不規則合金位相図gfortranFETランダムウォークスピン軌道相互作用相対論ダイヤモンドガイガー管マントル井戸型ポテンシャルデータロガーシュレディンガー方程式UPS条件分岐MCU格子比熱詰め回路固有値問題熱力学QNAPOpenMPTLP521ハーフメタルLM555ubuntu平均場近似ブラウン運動フェルミ面NE555ZnOゼーベック係数TLP552xcrysdenCIF最小値最大値awkfsolve第一原理計算UbuntuWriter509テスタ差し込みグラフ三角波過渡解析FXA-7020ZRスーパーセル自動計測起電力CK1026フィルタトランスMAS830LEAGLEハイパーリーグP-10PvPMBEPIC16F7852SC1815ノコギリ波ナイキスト線図PGAOPA2277AACircuitLMC662CapSense負帰還安定性入出力固定スピンモーメントFSMTeX結晶磁気異方性全エネルギーc/a合金multiplotgnuplot非線型方程式ソルバL10構造正規分布等高線ジバニャン方程式初期値interp1fcc面心立方構造ウィグナーザイツ胞半金属デバイ模型磁気モーメント電荷密度重積分SIC不純物問題擬ポテンシャル状態図cif2cellPWgui二相共存ウルツ鉱構造edeltquantumESPRESSOフォノンリジッドバンド模型スワップ領域BaO岩塩構造ルチル構造ヒストグラム確率論マテリアルデザインフラクタルマンデルブロ集合キーボードRealforceクーロン散乱三次元疎行列縮退化学反応関数フィッティング最小二乗法Excel直流解析PCTS-110TS-112日本語パラメータ・モデル等価回路モデル文字列不規則局所モーメント陰解法熱拡散方程式HiLAPWCrank-Nicolson法連立一次方程式specx.fifort境界条件両対数グラフ片対数グラフGimp円周率ヒストグラムシンボル線種グラフの分割軸ラベル凡例トラックボール

最新コメント
リンク

にほんブログ村 その他趣味ブログ 電子工作へ