AkaiKKRで不純物の磁気モーメント

第31回のCMDワークショップAkaiKKR(machikaneyama)実習で鉄の中に不純物元素を入れたときの不純物元素の磁気モーメントの計算を行いました。CMDワークショップの時には手動で不純物元素の種類を置き換えて計算していたので、今回はシェルスクリプトを作成して自動化を行いました。

bccFeX.png

Fig.1: 強磁性鉄の中の不純物の磁気モーメント。正の値は鉄と同じ向きのモーメントを持つことを意味し、負の値は逆方向のモーメントを持つことを意味する。



入力ファイルのテンプレートとして以下を用意しました。NIMPの部分を不純物元素の原子番号に置き換えて計算します。

c----------------------Fe------------------------------------
go data/bccFeX_ATOM
c------------------------------------------------------------
c brvtyp a c/a b/a alpha beta gamma
bcc 5.27 , , , , , ,
c------------------------------------------------------------
c edelt ewidth reltyp sdftyp magtyp record
0.001 1.0 sra mjw mag 2nd
c------------------------------------------------------------
c outtyp bzqlty maxitr pmix
update 4 200 0.035
c------------------------------------------------------------
c ntyp
1
c------------------------------------------------------------
c type ncmp rmt field mxl anclr conc
Fe 2 1 0.0 2
26 100
NIMP 0
c------------------------------------------------------------
c natm
1
c------------------------------------------------------------
c atmicx(in the unit of a) atmtyp
0 0 0 Fe
c------------------------------------------------------------


元素の置き換えの部分などもろもろの処理は、以下のようなシェルスクリプトを作って行いました。
実行するには通常のAkaiKKRのディレクトリ構成に加えて前述のテンプレートファイルを置いておくためのtemplate/ディレクトリや計算結果のサマリが出力されるanalysis/ディレクトリを作っておく必要があります。

#!/bin/csh -f
setenv GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL y

## *** プロジェクト名 ***
set PROJECT="bccFeX"

## *** 実行ファイル ***
#set EXEC="~/kkr/20170222/cpa2002v009c/specx"
set EXEC="~/kkr/cpa2002v009c/specx"

## *** 不純物 ***
set ATOM_LIST=( K Ca Sc Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br Kr )
set NIMP_LIST=( 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 )

#set ATOM_LIST=( K )
#set NIMP_LIST=( 19 )

## *** 計算結果の出力先 ***
if ( -e analysis/${PROJECT}.txt ) then
cat analysis/${PROJECT}.txt >> analysis/${PROJECT}.txt.back
endif
echo "ATOM NUM MOMFE MONIMP" > analysis/${PROJECT}.txt

## *** 繰り返し計算 ***
set iIMP=1
while ( ${iIMP} <= ${#NIMP_LIST} )
## 変数のセット
set ATOM=${ATOM_LIST[${iIMP}]}
set NIMP=${NIMP_LIST[${iIMP}]}

## ファイル名
set INFILE="in/${PROJECT}_${ATOM}.in"
set OUTFILE="out/${PROJECT}_${ATOM}.out"
set POTFILE="data/${PROJECT}_${ATOM}"
## テンプレートから入力ファイルを作成
sed 's/'ATOM'/'${ATOM}'/g' template/${PROJECT}_Template.in | sed 's/'NIMP'/'${NIMP}'/g' > ${INFILE}

## *** 第一原理計算 ***
## 計算回数の初期化
set num=0
## 最大計算回数
set nummax=20
## 第一原理計算
${EXEC} < ${INFILE} > ${OUTFILE}
while ( ( ! { grep -q "err= -6." ${OUTFILE} } ) && ( $num < $nummax ) )
${EXEC} < ${INFILE} > ${OUTFILE}
@ num++
end

## 磁気モーメントの読み出し
set MMOMFE=`grep "spin moment" ${OUTFILE} | sed -n 1p | awk '{print $3}'`
set MMOMIMP=`grep "spin moment" ${OUTFILE} | sed -n 2p | awk '{print $3}'`

## 結果の出力
echo ${ATOM} ${NIMP} ${MMOMFE} ${MMOMIMP} >> analysis/${PROJECT}.txt

## カウントの増加
@ iIMP++
end


計算結果が書き込まれたbccFeX.txtからgnuplotを使ってグラフを描画します。下記のgnuplotスクリプトを利用しました。

set xzeroaxis
set xlabel "Atomic Number"
set ylabel "Magnetic Moment"

plot "bccFeX.txt" u 2:($4*$3/abs($3)):xticlabels(1) w lp pt 7 not

set terminal pngcairo size 520,390
set output "bccFeX.png"
rep


関連エントリ




参考URL




付録


このエントリで使用したファイルを添付します。ファイル名末尾の".txt"を削除して、"_"を"."に変更すれば使えるはずです。(参考:ねがてぃぶろぐの付録)


参考文献/使用機器




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