AkaiKKRで点欠陥の形成エネルギー(未完)
Wang et al. (2004) (PDF)を参考に、AkaiKKR (machikaneyama)を用いて面心立方構造(fcc)のアルミニウムの点欠陥の生成エネルギーをスーパーセル法を用いて計算しました。
結果は、Wang et al. (2004) (PDF)の計算結果に対して、一桁程度の過大評価となってしまいました。
結晶中に点欠陥を作るために必要な欠陥の形成エネルギーは、スーパーセル法を用いた第一原理計算から計算することができます。
具体的には、まず、スーパーセルで完全結晶の全エネルギーを計算します(E0)。次にスーパーセルから1つの原子を取り除いた系の計算を行い、全エネルギー(E1)を求めます。スーパーセルの原子数がN個のとき、欠陥形成エネルギーは、以下の式から求めることができます(参考: Wang et al. (2004) (PDF))。
\begin{equation}
\Delta E_{f} = E_{1} - \frac{N-1}{N} E_{0}
\end{equation}
同様の計算は、スーパーセルではなくコヒーレントポテンシャル近似(CPA)でもできる可能性はあるのでしょうか？このような質問がAkaiKKR (machikaneyama)の掲示板に投稿されて･･･いましたが、現在は存在していないようです(#6678)。質問者の計算は、うまく行っておらず、形成エネルギーが一桁程度過大評価されているようです。
そこで今回は、AkaiKKR (machikaneyama)でもスーパーセル法を用いて点欠陥の形成エネルギーを計算してみます。
Wang et al. (2004) (PDF)では、面心立方構造(fcc)のアルミニウムとニッケル、体心立方構造(bcc)のモリブデンとタンタルの点欠陥の形成エネルギーの計算が行われています。今回は、この中で面心立方構造のアルミニウムに関して計算を行います。スーパーセルのサイズは 2*2*2=32 原子としました。
Wang et al. (2004) (PDF)によると、交換相関汎関数はGGAよりもLDAのほうが良いであるとか、構造緩和はしないほうがむしろ良いだとか、色々議論があるようです。とりあえず今回は、LDA(mjw)で構造緩和もしない(というか大変なのでやりたくない)という方針で行きます。
AkaiKKRでスーパーセル その1で書いたとおり、AkaiKKRでスーパーセルの計算を行うためには、それに適したパラメータをspecx.fに設定して再コンパイルする必要があります。計算するコンピュータのメモリが少ない場合、スワップ領域を使う必要があるかもしれません。今回はAkaiKKRとUbuntu 12.04 のスワップ領域で指定した下記のパラーメータをspecx.fに設定しました。
面心立方構造のアルミニウムの点欠陥の形成エネルギーを計算するために、計算セルの中に32個のアルミニウム原子を置いた完全結晶の全エネルギー(E0)とスーパーセルからひとつの原子を点欠陥に置き換えたスーパーセルの全エネルギー(E1)の計算を行いました。得られた全エネルギーは、以下のようになりました。
E0 = -15482.440171667 (Ry)
E1 = -14998.335584355 (Ry)
よって点欠陥の生成エネルギーは
ΔEf = 0.2783319 (Ry) = 3.786906 (eV)
となりました。
この値はWang et al. (2004) (PDF)で報告されている 0.568 (eV) @ N=31, 0.511 (eV) @ N=108 とくらべて一桁程度の過大評価となってしまいました。したがって、AkaiKKRのCPA計算で点欠陥の生成エネルギーを過大評価してしまうのは、必ずしもCPAの問題ではないかもしれません。
このエントリで使用したファイルを添付します。ファイル名末尾の".txt"を削除して、"_"を"."に変更すれば使えるはずです。(参考:ねがてぃぶろぐの付録)
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結果は、Wang et al. (2004) (PDF)の計算結果に対して、一桁程度の過大評価となってしまいました。
点欠陥の形成エネルギー
結晶中に点欠陥を作るために必要な欠陥の形成エネルギーは、スーパーセル法を用いた第一原理計算から計算することができます。
具体的には、まず、スーパーセルで完全結晶の全エネルギーを計算します(E0)。次にスーパーセルから1つの原子を取り除いた系の計算を行い、全エネルギー(E1)を求めます。スーパーセルの原子数がN個のとき、欠陥形成エネルギーは、以下の式から求めることができます(参考: Wang et al. (2004) (PDF))。
\begin{equation}
\Delta E_{f} = E_{1} - \frac{N-1}{N} E_{0}
\end{equation}
同様の計算は、スーパーセルではなくコヒーレントポテンシャル近似(CPA)でもできる可能性はあるのでしょうか？このような質問がAkaiKKR (machikaneyama)の掲示板に投稿されて･･･いましたが、現在は存在していないようです(#6678)。質問者の計算は、うまく行っておらず、形成エネルギーが一桁程度過大評価されているようです。
そこで今回は、AkaiKKR (machikaneyama)でもスーパーセル法を用いて点欠陥の形成エネルギーを計算してみます。
計算手法
Wang et al. (2004) (PDF)では、面心立方構造(fcc)のアルミニウムとニッケル、体心立方構造(bcc)のモリブデンとタンタルの点欠陥の形成エネルギーの計算が行われています。今回は、この中で面心立方構造のアルミニウムに関して計算を行います。スーパーセルのサイズは 2*2*2=32 原子としました。
Wang et al. (2004) (PDF)によると、交換相関汎関数はGGAよりもLDAのほうが良いであるとか、構造緩和はしないほうがむしろ良いだとか、色々議論があるようです。とりあえず今回は、LDA(mjw)で構造緩和もしない(というか大変なのでやりたくない)という方針で行きます。
c--------------------Al--------------------------------------
go data/SuperAlVc
c------------------------------------------------------------
c brvtyp a c/a b/a alpha beta gamma
sc 15.3 , , , , , ,
c------------------------------------------------------------
c edelt ewidth reltyp sdftyp magtyp record
0.001 1.0 sra mjw nmag 2nd
c------------------------------------------------------------
c outtyp bzqlty maxitr pmix
update 4 200 0.035
c------------------------------------------------------------
c ntyp
32
c------------------------------------------------------------
c type ncmp rmt field mxl anclr conc
Al1 1 1 0.0 2 0 100
Al2 1 1 0.0 2 13 100
Al3 1 1 0.0 2 13 100
Al4 1 1 0.0 2 13 100
Al5 1 1 0.0 2 13 100
Al6 1 1 0.0 2 13 100
Al7 1 1 0.0 2 13 100
Al8 1 1 0.0 2 13 100
Al9 1 1 0.0 2 13 100
Al10 1 1 0.0 2 13 100
Al11 1 1 0.0 2 13 100
Al12 1 1 0.0 2 13 100
Al13 1 1 0.0 2 13 100
Al14 1 1 0.0 2 13 100
Al15 1 1 0.0 2 13 100
Al16 1 1 0.0 2 13 100
Al17 1 1 0.0 2 13 100
Al18 1 1 0.0 2 13 100
Al19 1 1 0.0 2 13 100
Al20 1 1 0.0 2 13 100
Al21 1 1 0.0 2 13 100
Al22 1 1 0.0 2 13 100
Al23 1 1 0.0 2 13 100
Al24 1 1 0.0 2 13 100
Al25 1 1 0.0 2 13 100
Al26 1 1 0.0 2 13 100
Al27 1 1 0.0 2 13 100
Al28 1 1 0.0 2 13 100
Al29 1 1 0.0 2 13 100
Al30 1 1 0.0 2 13 100
Al31 1 1 0.0 2 13 100
Al32 1 1 0.0 2 13 100
c------------------------------------------------------------
c natm
32
c------------------------------------------------------------
c atmicx atmtyp
0 0 0 Al1
1/4 1/4 0 Al2
1/4 0 1/4 Al3
0 1/4 1/4 Al4
1/2 0 0 Al5
3/4 1/4 0 Al6
3/4 0 1/4 Al7
1/2 1/4 1/4 Al8
0 1/2 0 Al9
1/4 3/4 0 Al10
1/4 1/2 1/4 Al11
0 3/4 1/4 Al12
0 0 1/2 Al13
1/4 1/4 1/2 Al14
1/4 0 3/4 Al15
0 1/4 3/4 Al16
1/2 1/2 0 Al17
3/4 3/4 0 Al18
3/4 1/2 1/4 Al19
1/2 3/4 1/4 Al20
1/2 0 1/2 Al21
3/4 1/4 1/2 Al22
3/4 0 3/4 Al23
1/2 1/4 3/4 Al24
0 1/2 1/2 Al25
1/4 3/4 1/2 Al26
1/4 1/2 3/4 Al27
0 3/4 3/4 Al28
1/2 1/2 1/2 Al29
3/4 3/4 1/2 Al30
3/4 1/2 3/4 Al31
1/2 3/4 3/4 Al32
c------------------------------------------------------------AkaiKKRでスーパーセル その1で書いたとおり、AkaiKKRでスーパーセルの計算を行うためには、それに適したパラメータをspecx.fに設定して再コンパイルする必要があります。計算するコンピュータのメモリが少ない場合、スワップ領域を使う必要があるかもしれません。今回はAkaiKKRとUbuntu 12.04 のスワップ領域で指定した下記のパラーメータをspecx.fに設定しました。
& (natmmx=32, ncmpmx=32, msizmx=288, mxlmx=3, nk1x=500, nk3x=701,結果と議論
面心立方構造のアルミニウムの点欠陥の形成エネルギーを計算するために、計算セルの中に32個のアルミニウム原子を置いた完全結晶の全エネルギー(E0)とスーパーセルからひとつの原子を点欠陥に置き換えたスーパーセルの全エネルギー(E1)の計算を行いました。得られた全エネルギーは、以下のようになりました。
E0 = -15482.440171667 (Ry)
E1 = -14998.335584355 (Ry)
よって点欠陥の生成エネルギーは
ΔEf = 0.2783319 (Ry) = 3.786906 (eV)
となりました。
この値はWang et al. (2004) (PDF)で報告されている 0.568 (eV) @ N=31, 0.511 (eV) @ N=108 とくらべて一桁程度の過大評価となってしまいました。したがって、AkaiKKRのCPA計算で点欠陥の生成エネルギーを過大評価してしまうのは、必ずしもCPAの問題ではないかもしれません。
関連エントリ
参考URL
付録
このエントリで使用したファイルを添付します。ファイル名末尾の".txt"を削除して、"_"を"."に変更すれば使えるはずです。(参考:ねがてぃぶろぐの付録)
参考文献/使用機器
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tag: AkaiKKR machikaneyama KKR スーパーセル CPA
に載っている例であるFe87.5Li12.5合金の計算をスーパーセル法で行いました。
