ねがてぃぶろぐ

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fc2ブログは1ヶ月以上新しいエントリが投稿されないと広告が表示されるようになります。

これは新しいエントリを投稿することで消せるのですが、何のネタもなしにエントリを投稿するのもアレなので出来るだけ何か小ネタを用意するように心がけてはいるのですが、忙しいくて時間が取れない事もあります。本当は書きたいネタはたくさんあるのです。

とりあえず Word の数式についてのトゥートでも埋め込んでみるか・・・

2018-04-07 :
日記 :
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Ubuntuでシンボリックリンクの作成

AkaiKKR(machikaneyama)などのソフトウエアパッケージをインストールする際に、以前のバージョンも残しておきたいと思うことが良くあります。一方で、最新版には簡単にアクセスできるようにもしておきたいです。そこで最新版のディレクトリにシンボリックリンクを作成すると便利です。Windowsで言うところのショートカットです。現在の最新版である January 17, 2018 を ~/kkr/20180117/cpa2002v009c/ にインストールしてあるとして、以下のようにコマンドを打ち込みます。

ln -s ~/kkr/20180117/cpa2002v009c/ ~/kkr/cpa2002v009c

このようにする事によって、あたかも ~/kkr/cpa2002v009c/ に最新版があるかのように操作することが出来ます。新しいバージョンが公開されたら、シンボリックリンクだけを作り直せばOKです。

参考URL

AkaiKKR(machikaneyama)

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tag: Ubuntu AkaiKKR machikaneyama

2018-02-20 :
Ubuntu :
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AkaiKKRのMT球の充填率その2

AkaiKKRのMT球の充填率その1では、面心立方構造と体心立方構造の金属のマフィンティン半径を変えながら全エネルギーを計算しました。その結果、マフィンティン球をできるだけ大きくするとき、全エネルギーが低くなることが確認できました。
これに対して、プリミティブセルに2種類以上の原子を含む場合、それぞれの原子のMT半径の比をどのように取るのがよいのかという問題が発生します。今回は、MgOのマグネシウムと酸素のマフィンティン球半径の比を、マフィンティン球が接する条件を保ちながら変化させたときに全エネルギーがどのように変わるかを確認しました。

計算手法

AkaiKKRのMT球の充填率その1と同様に入力ファイルのテンプレートとシェルスクリプトを用いて、酸素とマグネシウムの比を変化させながら全エネルギーを計算します。

c------------------------------------------------------------
     go   data/MgO_RMT
c------------------------------------------------------------
c   brvtyp     a        c/a   b/a   alpha   beta   gamma
     fcc      7.9582 ,      ,      ,      ,       ,      ,
c------------------------------------------------------------
c   edelt    ewidth    reltyp   sdftyp   magtyp   record
    0.001     2.0       sra      pbe      nmag      2nd
c------------------------------------------------------------
c   outtyp    bzqlty   maxitr   pmix
    update      4       200    0.035
c------------------------------------------------------------
c    ntyp
      2
c------------------------------------------------------------
c   type    ncmp    rmt    field   mxl  anclr   conc
    Mg       1        2      0.0     2
                                          12    100
    O        1        RMT      0.0     2
                                           8    100
c------------------------------------------------------------
c   natm
     2
c------------------------------------------------------------
c   atmicx                        atmtyp
     0          0          0        Mg
     1/2        1/2        1/2      O
c------------------------------------------------------------

#!/bin/csh -f

## *** 実行ファイル ***
#setenv GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y
#set EXEC="~/kkr/20170222/cpa2002v009c/specx"
set EXEC="specx"

## *** プロジェクト名 ***
set PREFIX="MgO"

## *** 酸素のMT半径設定値 ***
set RATIO_LIST=( 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 1.9 2.0 )

## *** ポテンシャルの再利用フラグ ***
## (0: 利用しない, 1: 利用する)
set POTCOPY=0

## *** 計算結果の出力先 ***
set ANALYSIS="./analysis/${PREFIX}.txt"
if ( -e ${ANALYSIS} ) then
  cat ${ANALYSIS} >> ${ANALYSIS}.back
endif
echo "MT_ratio Filling(%) Total_energy(Ry)" > ${ANALYSIS}

## *** 繰り返し計算 ***
foreach RATIO ( ${RATIO_LIST} )
  set RMT=`echo "${RATIO}*2" | bc -l | sed -e 's/^\./0./g'`
  ## *** ファイル名 ***
  set TEMPLATE="./template/${PREFIX}_Template.in"
  set KKRINP="./in/${PREFIX}_${RMT}.in"
  set KKROUT="./out/${PREFIX}_${RMT}.out"
  set POTFILE="./data/${PREFIX}_${RMT}"
  set POTBACK="./data/${PREFIX}"

  ## 前回のポテンシャルが存在すれば利用
  if (( -e ${POTBACK} ) && ( ${POTCOPY} == 1 )) then
    cp ${POTBACK} ${POTFILE}
  endif

  ## *** 入力ファイルの作成 ***
  sed 's/'RMT'/'${RMT}'/g' ${TEMPLATE} > ${KKRINP}

  ## *** 第一原理計算の実行 ***
  ## 最大計算回数
  set nummax=20
  ## 計算回数の初期化
  set num=0
  ## 最初の第一原理計算
  ${EXEC} < ${KKRINP} > ${KKROUT}
  ## *** 繰り返し計算 ***
  while ( ( ! { grep -q "err= -6." ${KKROUT} } ) && ( $num < $nummax ) )
    ${EXEC} < ${KKRINP} > ${KKROUT}
    @ num++
  end

  ## 前回のポテンシャルが存在すればバックアップ
  if ( ${POTCOPY} == 1 ) then
    cp ${POTFILE} ${POTBACK}
  endif

  ## *** 結果の出力 ***
  set ENE=`grep "total energy" ${KKROUT} | sed -e s/total//g  -e s/energy=//g`
  set FIL=`grep "volume filling=" ${KKROUT} | sed -e s/volume//g -e s/filling=//g -e s/%//g`
  echo ${RATIO} ${FIL} ${ENE} >> ${ANALYSIS}
end

計算結果

計算結果を以下に示します。

Fig.1

酸素とマグネシウムのマフィンティン半径の比r_O/r_Mgが1.2~1.3ぐらいで全エネルギーが最小になっています。
ちなみにマフィンティン球による充填率は、r_O/r_Mg=1のとき最も低くなります。

参考URL

AkaiKKR(machikaneyama)

参考文献/使用機器

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tag: AkaiKKR machikaneyama KKR マフィンティン半径

2018-01-01 :
固体物理 :
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AkaiKKRのMT球の充填率その1

AkaiKKR(machikaneyama)は、マフィンティン球近似(MT近似)を利用しています。このマフィンティン球の半径をどのような値に採るのがよいのかは、よく議論になります。今回は、面心立方構造(fcc)の銅とニッケル、体心立方構造(bcc)の鉄についてマフィンティン半径を変化させながら全エネルギーを計算してみました。

タッチング半径

プリミティブセルに1個だけしか原子を持たないfccやbccの場合、マフィンティン半径を出来るだけ大きく取る方がよい結果になるといわれています。格子定数 a に対して、面心立方構造の最近接原子間距離は $\sqrt{2}a/2$ となります。よってMT球のタッチング半径は、最近接原子間距離の半分で以下のようになります。

\begin{equation*}
r_{MT,fcc} = \frac{\sqrt{2}}{4} a \simeq 0.3535534 a
\end{equation*}

同様に、体心立方構造の場合の最近接原子間距離が $\sqrt{3}a/2$ なので、タッチング半径は以下のようになります。

\begin{equation*}
r_{MT,bcc} = \frac{\sqrt{3}}{4} a \simeq 0.4330127 a
\end{equation*}

タッチング半径を 1 としたときに、実際のMT半径を小さくしていったときに全エネルギーがどのように変化するかを計算します。

計算手法

template/を作成して、以下のような入力ファイルのテンプレートを置きます。

c------------------------------------------------------------
     go   data/Cu_RMT
c------------------------------------------------------------
c   brvtyp     a        c/a   b/a   alpha   beta   gamma
     fcc      6.83  ,      ,      ,      ,       ,      ,
c------------------------------------------------------------
c   edelt    ewidth    reltyp   sdftyp   magtyp   record
    0.001     1.2       sra      pbe      nmag      2nd
c------------------------------------------------------------
c   outtyp    bzqlty   maxitr   pmix
    update      4       200    0.01
c------------------------------------------------------------
c    ntyp
      1
c------------------------------------------------------------
c   type    ncmp    rmt    field   mxl  anclr   conc
    Cu       1      RMT      0.0     2
                                          29    100
c------------------------------------------------------------
c   natm
     1
c------------------------------------------------------------
c   atmicx                        atmtyp
     0          0          0        Cu
c------------------------------------------------------------

このテンプレートでは、マフィンティン半径の部分が RMT という文字列にされているので、この文字列を置き換えながら第一原理計算を行うようなシェルスクリプトを用意します。

#!/bin/csh -f

## *** 実行ファイル ***
#setenv GFORTRAN_UNBUFFERED_ALL=y
#set EXEC="~/kkr/20170222/cpa2002v009c/specx"
set EXEC="specx"

## *** プロジェクト名 ***
set PREFIX="Cu"

## *** タッチング半径に対するMT半径の比 ***
set RATIO_LIST=( 1.00 0.99 0.98 0.97 0.96 0.95 0.94 0.93 0.92 0.91 0.90 0.89 0.88 0.87 0.86 0.85 0.84 0.83 0.82 0.81 0.80 )

## *** ポテンシャルの再利用フラグ ***
## (0: 利用しない, 1: 利用する)
set POTCOPY=0

## *** 計算結果の出力先 ***
set ANALYSIS="./analysis/${PREFIX}.txt"
if ( -e ${ANALYSIS} ) then
  cat ${ANALYSIS} >> ${ANALYSIS}.back
endif
echo "MT_ratio Filling(%) Total_energy(Ry)" > ${ANALYSIS}

## *** 繰り返し計算 ***
foreach RATIO ( ${RATIO_LIST} )
  ## fcc
  set RMT=`echo "${RATIO}*sqrt(2)/4" | bc -l | sed -e 's/^\./0./g'`
  ## bcc
  #set RMT=`echo "${RATIO}*sqrt(3)/4" | bc -l | sed -e 's/^\./0./g'`

  ## *** ファイル名 ***
  set TEMPLATE="./template/${PREFIX}_Template.in"
  set KKRINP="./in/${PREFIX}_${RATIO}.in"
  set KKROUT="./out/${PREFIX}_${RATIO}.out"
  set POTFILE="./data/${PREFIX}_${RATIO}"
  set POTBACK="./data/${PREFIX}"

  ## 前回のポテンシャルが存在すれば利用
  if (( -e ${POTBACK} ) && ( ${POTCOPY} == 1 )) then
    cp ${POTBACK} ${POTFILE}
  endif

  ## *** 入力ファイルの作成 ***
  sed 's/'RMT'/'${RMT}'/g' ${TEMPLATE} > ${KKRINP}

  ## *** 第一原理計算の実行 ***
  ## 最大計算回数
  set nummax=5
  ## 計算回数の初期化
  set num=0
  ## 最初の第一原理計算
  ${EXEC} < ${KKRINP} > ${KKROUT}
  ## *** 繰り返し計算 ***
  while ( ( ! { grep -q "err= -6." ${KKROUT} } ) && ( $num < $nummax ) )
    ${EXEC} < ${KKRINP} > ${KKROUT}
    @ num++
  end

  ## 前回のポテンシャルが存在すればバックアップ
  if ( ${POTCOPY} == 1 ) then
    cp ${POTFILE} ${POTBACK}
  endif

  ## *** 結果の出力 ***
  set ENE=`grep "total energy" ${KKROUT} | sed -e s/total//g  -e s/energy=//g`
  set FIL=`grep "volume filling=" ${KKROUT} | sed -e s/volume//g -e s/filling=//g -e s/%//g`
  echo ${RATIO} ${FIL} ${ENE} >> ${ANALYSIS}
end

計算結果

Fig.1: 銅の計算結果

Fig.2: ニッケルの計算結果

Fig.3: 鉄の計算結果

とりあえず、いずれの場合もMT球の半径が大きくなるほど全エネルギーが低くなることが分かります。

参考URL

AkaiKKR(machikaneyama)

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2017-12-25 :
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ecaljのgetsyml.py

ecaljには、バンド分散を描画するときの対称性のよいパスを自動的に生成してくれる getsyml.py というpythonスクリプトが ~/ecalj/GetSyml/ にあります。そのディレクトリの README に、以下のようなインストール方法が書いてあるのですが、どういう訳か私の環境では上手く行きませんでした。どうやら私のubuntuのpython環境に何かかの問題があるようでした。

===========================
Requirement and Install:

1.seekpath
>git clone https://github.com/giovannipizzi/seekpath/
>python setup.py install

2.matplotlib for 3D plot
> python -m pip install --update pip #pip update
> pip install matplotlib

3.spglib for crystal structure symmetry
>git clone https://github.com/atztogo/spglib.git
>python setup.py install --user
--user install it locally.

そこでAnaconda で Python 環境をインストールするを参考にして、わたしのubuntuにPython 2.7をインストールしたところ getsyml.py が使えるようになりました。

Anaconda の Python 2.7 のセットアップ

まずAnaconda の Python 2.7 をインストールします(3.xではありません)。Anacondaのダウンロードページから、インストールスクリプトをダウンロードし、実行します。

cd ~
wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda2-5.0.1-Linux-x86_64.sh

すると端末上に、対話型のインストーラーが表示されるので、言われるがままに進めます。最後にAnacondaのpythonをPATHに加えるか聞かれるので yes と答えます。
この段階だと、単純に .bashrc に追記しただけなので source コマンドで .bashrc を再読み込みさせた後 python のバージョンを確認します。

source ~/.bashrc
python --version

以下のように Ananaconda でインストールされたものが表示されていれば成功です。

Python 2.7.14 :: Anaconda, Inc.

seekpath のセットアップ

Python 2.7 のセットアップが完了したら、次に seekpath のセットアップをします。
以下のコマンドを順番に端末に入力します。

cd ~
git clone https://github.com/giovannipizzi/seekpath/
cd seekpath/
python setup.py install

matplotlib のセットアップ

私の環境では特に何もしなくても大丈夫でした。Anacondaではデフォルトでmatplotlibが入ってる？

spglib のセットアップ

以下のコマンドを順番に端末に入力します。

cd ~
git clone https://github.com/atztogo/spglib.git
cd spglib/python/
python setup.py install --user

getsyml.pyの場所をパスに追加

私は ~/ecalj/GetSyml/ をパスに追加しました。
~/.bashrc に以下を追記します。

export PATH="$HOME/ecalj/GetSyml:$PATH"

テスト計算

CIFからecalj入力の作成とCIFからecalj入力の作成その2のセットアップが完了しているという前提で、シリコンのCIFファイルからバンド計算まで一気にやってみます。適当なディレクトリ、例えば ~/ecalj/project/Si-GetSyml/ で以下の順に実行します。

cp ~/cif2cell-1.2.10/cifs/Si.cif si.cif
cif2ctrl.sh si
getsyml.py si
lmfa si
mpirun -np 2 lmf-MPIK si
job_band si -np 2

getsyml.py si を実行すると以下のようなグラフィカルなウインドウが立ち上がります。

Fig.1: getsyml.py で得られるブリルアンゾーンの図

最後に job_band si -np 2を実行するとバンド分散の図が得られます。

Fig.2: シリコンのバンド構造

ecaljでシリコンのバンド構造(LDA計算)で得られたものと同じバンド分散結果が得られていることが分かります。

参考URL

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tag: ecalj 分散関係

2017-12-04 :
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ecaljのアップデート

ecaljは、現在も活発に開発が進められている第一原理計算パッケージです。ecaljのインストール(Ubuntu + gfortran)では ecalj を Ubuntu に gfortran を使ってインストールする方法を書きましたが、ちょくちょくアップデートをするほうがよいです。

アップデートするには、端末に以下のように入力します。

cd ~/ecalj/
git pull origin master:master
./CleanAll.gfortran
./InstallAll.gfortran

また、最新版へのアップデートとは逆に古いバージョンに戻すには以下のようにします。

cd ~/ecalj/
git checkout b4db4044
./CleanAll.gfortran
./InstallAll.gfortran

ここで b4db4044 がバージョン番号です。戻したい番号を指定します。

ちなみに、アップデートは上記のような方法ではなく、乱暴にバックアップをとってからの再インストールでも良いみたいです。

cd ~
cp ~/ecalj/ ~/ecalj-BK/
git clone https://github.com/tkotani/ecalj.git
cd ~/ecalj/
./InstallAll.gfortran

参考URL

ecalj

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tag: ecalj

2017-11-27 :
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タッチング半径

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matplotlib のセットアップ

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